Durant ces dernières décennies, le secteur de la microfinance est confronté à des pratiques peu acceptables qui se manifestent par une hausse des taux d’intérêt et dont l’objectif est d’assurer principalement la performance financière au détriment de considérations sociales. Ces taux d’intérêt dépendent de plusieurs facteurs internes et externes parmi lesquels on trouve l’ancienneté de l’Institution de Microfinance (IMF), sa taille, son statut juridique, la concurrence ainsi que la réglementation etc. L’objectif de cet article est d’étudier l’effet de l’ancienneté et de la taille sur les fluctuations des taux d’intérêt des IMF. Nous effectuons une étude empirique avec un échantillon de 897 IMF sur une période de 12 ans (2003-2015). La méthode d’estimation utilisée est celle des moments généralisés (GMM). Nos résultats ont montré que l’ancienneté, la taille, et d’autres facteurs tant internes qu’externes, ont un impact significatif sur les fluctuations des taux d’intérêt des IMF. Les IMF jeunes, nouvelles ou de faible taille, facturent des taux d’intérêt plus élevés en comparaison des IMF plus grandes ou plus anciennes.